شكلت العديد من اللجان الفرعية المنبثقة عن اللجنة الرئيسية للدراسات العُليا في الطب من أجل ضمان فعالية وسرعة المتابعة والتنفيذ لقرارات اللجنة الرئيسية وتوصياتها، وتلتقي هذه اللجان كل ثلاثة أشهر أو بناءً على طلب مساعد مدير إدارة التعليم الطبي أو رئيس اللجنة الفرعية، ومن ثم ترفع توصياتهم وتقاريرهم إلى مساعد مدير إدارة التعليم الطبي ولجنة الدراسات العُليا الرئيسية، وتشتمل اللجان الفرعية على:
