يضم مستشفى القلب عددًا من الوحدات المتطورة المزوّدة بأحدث التجهيزات، مثل وحدة أمراض الشرايين المزودة بعشرين سريرًا، إلى جانب وحدة العناية المركزة للقلب والصدر بسعة 12 سريرًا ووحدة للعناية الجراحية الفائقة بسعة 24 سريرًا؛ حيث يوجد كل سرير بالمستشفى في غرفة خاصة، كما يوجد جناح إضافي بسعة 60 سريرًا مكوّناً من غرف فردية مخصصة لقياس القراءات ومراقبة الحالات عن بُعد.
ويوجد بالمستشفى ثلاث غرف عمليات؛ إحداها غرفة عمليات هجينة تقع في نفس طابق وحدة العناية المركزة ووحدة العناية الجراحية الفائقة، كما يتوفر أيضاً مختبر للقسطرة مزود بأحدث الأجهزة والتقنيات، بالإضافة إلى ثلاثة مختبرات مخصصة لفحوصات الفسيولوجيا الكهربائية، وهو ما يضمن توفر الإجراءات التداخلية القلبية على مدار الساعة لعلاج أمراض القلب والشرايين، كما يوفر مختبر القلب الذي يقع في الطابق الأرضي مجموعة شاملة من الفحوصات غير الجراحية للمرضى الداخليين ولمرضى العيادات الخارجية، وبالإضافة إلى ما سبق يمتلك مستشفى القلب مجموعة كبيرة من مرافق العيادات الخارجية.
ويجري تحويل العديد من المرضى من قسم الطوارئ بمستشفى حمد العام إلى مستشفى القلب القريب من مستشفى حمد العام، كما يستقبل قسم الطوارئ بمستشفى القلب من خدمة الإسعاف حالات الطوارئ المتعلقة بالقلب بصورة مباشرة، وقد أتاح ربط قسم الطوارئ بمستشفى القلب بخدمة قياس رسم تخطيط القلب عن بعد الفرصة للاستشاريين وأخصائيي القلب لتسهيل التحويل السريع للحالات عن طريق الاستفادة من المعرفة المسبقة بالتشخيص عندما يكون ذلك ملائمًا، كما مكّنهم من السماح بالتحضير المسبق للتدخل التاجي الأولي.
ويتوفر داخل المستشفى قسم الأشعة الخاص به لتقديم خدمات الأشعة المقطعية القلبية، وفحوصات القلب باستخدام النظائر المُشعة ومجموعة شاملة من الإجراءات التشخيصية، ويشترك مستشفى القلب مع المركز الوطني لعلاج وأبحاث السرطان المحاذي له في أحد المختبرات الطبية، وقد قدم مركز التأهيل القلبي مؤخرًا برنامجًا متخصصًا في تأهيل مرضى الفشل القلبي.
ويوجد في مستشفى القلب عدد من أخصائيي أمراض الكلى بالإضافة إلى خدمة غسيل الكلى، كما يجري العمل حاليًا على توفير خدمات التنظير بالمستشفى، أما خدمات جراحة القلب والصدر وعلاج أمراض القلب للأطفال فيتم تقديمها في مستشفى حمد العام.