تم إنشاء المجلس الأعلى للصحة من قبل سمو أمير البلاد المفدى في عام 2005م. ويهدف المجلس إلى وضع رؤية واضحة لمسار النظام الصحي في الدولة. وذلك من خلال تحديد الأهداف والغايات المنشودة، ورسم السياسات اللازمة لتحقيق رؤية الدولة، وتنظيم منظومة الرعاية الطبية في البلاد، والحفاظ على الصحة العامة، ووضع أجندة البحوث الصحية، ومراقبة وتقييم ما يتم إحرازه من تقدم باتجاه تحقيق تلك الأهداف.
يطبق المجلس الأعلى للصحة، في الوقت الراهن، برنامجاً طموحاً لتعزيز صحة وعافية أفراد المجتمع بدولة قطر، بما يُمكن من بناء مجتمع صحي منتج ونابض بالحياة في الحاضر والمستقبل. البرنامج بعنوان "رعاية من أجل المستقبل" وهو يهدف إلى تشجيع أنماط الحياة الصحية، وتقديم رعاية أولية للسكان من خلال مرافق قريبة من مواقع سكنهم، وضمان تقديم أفضل رعاية صحية عالية الجودة وعالمية المستوى لكافة أفراد المجتمع من خلال مرافق الرعاية الطبية التخصصية.
المجلس الأعلى للصحة يعمل على تعزيز السياسات المبنية على البراهين، والرامية لتحسين الصحة والعافية لكافة أفراد المجتمع وأسرهم. والمجلس لديه تفويض مزدوج لوضع السياسات والبرامج الهادفة لتحسين صحة السكان، بهدف تعزيز حياة أطول وأكثر إنتاجية، وإرساء الأساس لمجمتع قوي ومفعم بالحياة لعدة عقود من الزمان.
المجلس الأعلى للصحة يتولى الإشراف على برامج الصحة العامة المتصلة بمكافحة الأمراض المعدية، فضلاً عن التنسيق مع الجهات الأخرى المعنية فيما يتعلق بتعزيز السلامة العامة والسلامة البيئية. ويعد المجلس مسؤولاً عن جاهزية البلاد لطوارئ الصحة العامة .