يتضمن مركز الأمراض الانتقالية مختبر متعدد التخصصات، مزود بكافة المعدات والأجهزة الضرورية المتكاملة. يقوم المختبر بإجراء ومعالجة مجموعة واسعة من الاختبارات والتحاليل، وضمان إمكانية وصول فرق المركز إلى كافة المعلومات المطلوبة لإجراء عمليات التشخيص ومراقبة التقدم الذي يحرزه المريض خلال مراحل خضوعه للعلاج.

يعتبر مختبر المركز من الفئة رقم (3) للتعامل مع داء السل ويضم فريقاً ملتزماً من التقنيين/ الفنيين الطبيين المهرة، ممن يتمتعون بخبرات واسعة في مجال استخدام معدات المختبر الأكثر تطوراً وتقدماً.